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读 Newick 文件的演化树生成器

把 IQ-TREE、RAxML-NG、FastTree 或 MEGA 输出的 Newick 树粘进来，就能得到干净的矩形枝长树、支序图或环形树。可以做中点定根、梯形排列，只给超过阈值的分支标自助支持值，给分支群上色，并导出 SVG 或高分辨率 PNG。这个亲缘关系树生成器完全在你的浏览器里运行。

免费，无需注册在浏览器里运行树文件不会离开你的设备导出 SVG 和 PNG

Newick 树打开文件

全部在你的浏览器里运行，树文件不会离开你的设备。NEXUS 文件也能读：取 TREES 块里的第一棵树。

布局

梯形排列

中点定根

显示支持值

只标注 ≥%（0–1 的数值会换算）

显示枝长末端标签用斜体（物种名）

字号13 px

线宽1.5 px

高亮分支群

在树上点击一个内部节点（或用 Tab 聚焦后按回车），也可以在下面列出末端名称。

9 个末端 · 8 个内部节点 · 按原文有根 · 含枝长

枝长按比例绘制；比例尺表示标度上的一个单位。

提示：内部节点是可点击的圆点。选中一个，就会用当前选定的配色给那个分支群上色。

亲缘关系树表达了什么

亲缘关系树是关于序列、物种或菌株之间如何通过共同祖先相联系的一个假说。图上每个部分都有确定的含义，一张好图会让这些含义容易读出来。

末端（叶）是你分析的取样类群或序列。
内部节点是推断出的共同祖先。从一个节点往下的全部后代构成一个单系群。
若有枝长，通常表示每个位点的期望替换数，在定年分析里则表示时间。在枝长树上，水平距离承载这个含义；垂直距离没有任何含义。
支持值，比如自助法百分比或后验概率，说明数据对每个分岔的支持有多强。它们标在内部分支上，不标在末端。
有根树有从祖先到后代的方向。无根树只说明每条分支把哪些类群分开；许多推断软件输出的无根树在基部有三条分支。

一分钟看懂 Newick 格式

Newick 用嵌套括号描述一棵树。每一对括号是一个内部节点，逗号分隔它的后代，分号结束整棵树。这里的解析器遵循 PHYLIP 文档里的 Newick 语法，并兼容实际软件写出的各种扩展。

只有拓扑结构：((A,B),C); 把 A 和 B 归在一起，C 是它们的姐妹群。
枝长写在冒号后面：((A:0.1,B:0.2):0.3,C:0.4); 也支持 1.5e-4 这样的科学记数法。
右括号后面的标签是内部节点的名称。如果它是数字，例如 ((A,B)95,C);，工具会按 0 到 1 或 0 到 100 的标度读成支持值。像 85/72 这样的成对数值按原样显示。
未加引号的名称里，下划线会变成空格，所以 Homo_sapiens 会画成 Homo sapiens。含标点的名称要放在单引号里，名称内部的引号写两遍：'O''Brien strain'。
方括号里的内容是注释，会被跳过，包括 NHX 的 [&&NHX:...] 和 BEAST 风格的 [&...] 标注。记号之间的空格和换行都会忽略。
如果树读不出来，错误信息会给出问题所在的行和列，比如缺了一个右括号。

枝长树、支序图还是环形布局

枝长重要时用矩形枝长树：分支按比例绘制，比例尺用取整后的长度标出单位。只想表现分支顺序时用支序图：它忽略枝长、把所有末端对齐，长的物种名更容易比较。末端有一百个以上的大树用环形布局，否则矩形图会非常高。环形布局是同一棵树绕成一圈，末端标签会旋转并翻转，不会出现倒着的字。梯形排列按分支群大小排序，让图更整齐，但不改变任何亲缘关系；在这个亲缘关系树生成器里切换布局只改变画法，绝不改变拓扑结构。绘图高度会随末端数量自动调整，可处理约 500 个末端的树。

读懂自助支持值和后验概率

支持值回答的是“这个分岔出现得有多稳定”。自助法百分比来自对重抽样比对的反复分析，后验概率来自贝叶斯分析。FastTree 输出 0 到 1 之间的局部支持值，IQ-TREE 可以把 SH-aLRT 和超快自助值成对写出。用支持值阈值，只给达到你所在领域或方法部分所用标准的分支加标签，并在图注里说明这些数字是什么。常被引用的阈值并不能证明某个单系群真实存在；数值低只意味着数据对这个分岔不确定，并不等于支持相反的分组。

读树和画树时常见的错误

把末端的上下顺序当成亲缘远近。相邻的末端不一定是近亲；任何节点都可以旋转而不改变这棵树。亲缘关系由最近共同祖先决定。
把无根树当有根树来画。基部写成三条分支的树，其基部位置是任意的。要么在分析中用外群定根，要么用中点定根并在图注里说明。
把支序图当成枝长有意义的图。支序图里水平位置只表示顺序。
把支持值标到末端上，或者把自助值和后验概率混在一起却不说明哪个是哪个。
枝长树上漏掉比例尺，读者就无法判断一条分支代表多少变化。
只用红色和绿色来区分分支群。这里的分支群配色取自 Okabe-Ito 色板，对常见的色觉障碍仍可分辨。

Newick 文件从哪里来，什么时候该换别的看树软件

大多数推断软件都能给出 Newick。IQ-TREE 把最大似然树写进 .treefile，RAxML-NG 写出 .raxml.bestTree 以及 .raxml.supportFBP 等支持值树，FastTree 直接打印 Newick 树，MEGA 可以从 Tree Explorer 导出树。TreeAnnotator 汇总的 BEAST 树通常是 NEXUS 文件；本工具会读取 NEXUS 的 TREES 块里的第一棵树，包括 TRANSLATE 对照表，但把 BEAST 标注当作注释。要做复杂标注，成熟的工具更合适：iTOL 是在线展示和标注树的工具，支持多种数据集类型；FigTree 是针对 BEAST 输出设计的免费桌面查看器；ggtree 是 Bioconductor 包，把 ggplot2 风格的标注带到 R 里的树上。需要快速查看 Newick 树并在几秒内导出可用插图时，就用这个免费的在线演化树生成器；需要逐末端的元数据色带、图片或脚本化出图时，再转到那些工具。