免費系統發生學工具

讀 Newick 檔案的演化樹產生器

把 IQ-TREE、RAxML-NG、FastTree 或 MEGA 輸出的 Newick 樹貼進來，就能得到乾淨的矩形枝長樹、支序圖或環形樹。可以做中點定根、梯形排列，只給超過閾值的分支標自助支持度，給分支群上色，並匯出 SVG 或高解析度 PNG。這個親緣關係樹產生器完全在你的瀏覽器裡執行。

免費，無需註冊在瀏覽器裡執行樹檔案不會離開你的裝置匯出 SVG 和 PNG

Newick 樹開啟檔案

全部在你的瀏覽器裡執行，樹檔案不會離開你的裝置。NEXUS 檔案也能讀：取 TREES 區塊裡的第一棵樹。

佈局

梯形排列

中點定根

顯示支持度

只標註 ≥%（0–1 的數值會換算）

顯示枝長末端標籤用斜體（物種名）

字級13 px

線寬1.5 px

突顯分支群

在樹上點選一個內部節點（或用 Tab 聚焦後按 Enter），也可以在下面列出末端名稱。

9 個末端 · 8 個內部節點 · 按原文有根 · 含枝長

枝長按比例繪製；比例尺表示尺度上的一個單位。

提示：內部節點是可點選的圓點。選取一個，就會用目前選定的配色給那個分支群上色。

親緣關係樹表達了什麼

親緣關係樹是關於序列、物種或菌株之間如何透過共同祖先相關聯的一個假說。圖上每個部分都有確定的含義，一張好圖會讓這些含義容易讀出來。

末端（葉）是你分析的取樣類群或序列。
內部節點是推斷出的共同祖先。從一個節點往下的全部後代構成一個單系群。
若有枝長，通常表示每個位點的期望替換數，在定年分析裡則表示時間。在枝長樹上，水平距離承載這個含義；垂直距離沒有任何含義。
支持度，比如自助法百分比或後驗機率，說明資料對每個分岔的支持有多強。它們標在內部分支上，不標在末端。
有根樹有從祖先到後代的方向。無根樹只說明每條分支把哪些類群分開；許多推斷軟體輸出的無根樹在基部有三條分支。

一分鐘看懂 Newick 格式

Newick 用巢狀括號描述一棵樹。每一對括號是一個內部節點，逗號分隔它的後代，分號結束整棵樹。這裡的解析器遵循 PHYLIP 文件裡的 Newick 語法，並相容實際軟體寫出的各種擴充。

只有拓樸結構：((A,B),C); 把 A 和 B 歸在一起，C 是它們的姊妹群。
枝長寫在冒號後面：((A:0.1,B:0.2):0.3,C:0.4); 也支援 1.5e-4 這樣的科學記數法。
右括號後面的標籤是內部節點的名稱。如果它是數字，例如 ((A,B)95,C);，工具會按 0 到 1 或 0 到 100 的尺度讀成支持度。像 85/72 這樣的成對數值按原樣顯示。
未加引號的名稱裡，底線會變成空格，所以 Homo_sapiens 會畫成 Homo sapiens。含標點的名稱要放在單引號裡，名稱內部的引號寫兩遍：'O''Brien strain'。
方括號裡的內容是註解，會被跳過，包括 NHX 的 [&&NHX:...] 和 BEAST 風格的 [&...] 標註。記號之間的空格和換行都會忽略。
如果樹讀不出來，錯誤訊息會給出問題所在的行和欄，比如缺了一個右括號。

枝長樹、支序圖還是環形佈局

枝長重要時用矩形枝長樹：分支按比例繪製，比例尺用取整後的長度標出單位。只想表現分支順序時用支序圖：它忽略枝長、把所有末端對齊，長的物種名更容易比較。末端有一百個以上的大樹用環形佈局，否則矩形圖會非常高。環形佈局是同一棵樹繞成一圈，末端標籤會旋轉並翻轉，不會出現倒著的字。梯形排列按分支群大小排序，讓圖更整齊，但不改變任何親緣關係；在這個親緣關係樹產生器裡切換佈局只改變畫法，絕不改變拓樸結構。繪圖高度會隨末端數量自動調整，可處理約 500 個末端的樹。

讀懂自助支持度和後驗機率

支持度回答的是「這個分岔出現得有多穩定」。自助法百分比來自對重抽樣比對的反覆分析，後驗機率來自貝氏分析。FastTree 輸出 0 到 1 之間的局部支持度，IQ-TREE 可以把 SH-aLRT 和超快自助值成對寫出。用支持度閾值，只給達到你所在領域或方法部分所用標準的分支加標籤，並在圖說裡說明這些數字是什麼。常被引用的閾值並不能證明某個單系群真實存在；數值低只意味著資料對這個分岔不確定，並不等於支持相反的分組。

讀樹和畫樹時常見的錯誤

把末端的上下順序當成親緣遠近。相鄰的末端不一定是近親；任何節點都可以旋轉而不改變這棵樹。親緣關係由最近共同祖先決定。
把無根樹當有根樹來畫。基部寫成三條分支的樹，其基部位置是任意的。要麼在分析中用外群定根，要麼用中點定根並在圖說裡說明。
把支序圖當成枝長有意義的圖。支序圖裡水平位置只表示順序。
把支持度標到末端上，或者把自助值和後驗機率混在一起卻不說明哪個是哪個。
枝長樹上漏掉比例尺，讀者就無法判斷一條分支代表多少變化。
只用紅色和綠色來區分分支群。這裡的分支群配色取自 Okabe-Ito 色板，對常見的色覺障礙仍可分辨。

Newick 檔案從哪裡來，什麼時候該換別的看樹軟體

大多數推斷軟體都能給出 Newick。IQ-TREE 把最大概似樹寫進 .treefile，RAxML-NG 寫出 .raxml.bestTree 以及 .raxml.supportFBP 等支持度樹，FastTree 直接輸出 Newick 樹，MEGA 可以從 Tree Explorer 匯出樹。TreeAnnotator 彙總的 BEAST 樹通常是 NEXUS 檔案；本工具會讀取 NEXUS 的 TREES 區塊裡的第一棵樹，包括 TRANSLATE 對照表，但把 BEAST 標註當作註解。要做複雜標註，成熟的工具更合適：iTOL 是線上展示和標註樹的工具，支援多種資料集類型；FigTree 是針對 BEAST 輸出設計的免費桌面檢視器；ggtree 是 Bioconductor 套件，把 ggplot2 風格的標註帶到 R 裡的樹上。需要快速檢視 Newick 樹並在幾秒內匯出可用插圖時，就用這個免費的線上演化樹產生器；需要逐末端的後設資料色帶、圖片或腳本化出圖時，再轉到那些工具。